Modo Élite: Completa el Modo para un jugador. Nuevas apariencias:
Espía (Segunda Apariencia): Consigue el rango “Recluta”.
Espía (Tercera apariencia): Consigue el rango “Agente especial”.
Fuerzas Upsilon (Segunda Apariencia): Consigue el rango “Agente de campo”.
Fuerzas Upsilon (Tercera apariencia): Consigue el rango “Comandante”.

Finales Alternativos:
Final A (Final Bueno): Obtén una confianza NSA por encima del 33 % y protege al menos 2 de los 3 objetivos.
Final B (Final Normal): Obtén una confianza NSA por debajo del 33 % y protege los 3 objetivos, o protege sólo uno y obtén una confi anza NSA por encima del 33 %.
Final C (Final Malo): Destruye los tres objetivos o destruye dos y obtén una confianza NSA por debajo del 33 %.

Equipamiento Adicional:
Ganzúa eléctrica: Objetivos principales en JBA HQ 1.
Mecanismo EMP Aumentado: Objetivos principales en JBA HQ 1
Granada EMP: Objetivos secundarios en la misión de Islandia.
Accesorio de granada EMP: Objetivos secundarios en la misión de Cozumel.
Accesorio explosivo de cámara: Objetivos secundarios en la misión de Islandia.
Accesorio de granada de fragmentación: Objetivos principales en JBA HQ 3.
Granada de Gas: Objetivos principales en JBA HQ 1.
Accesorio de Granada de Gas: La misión de secundaria en la misión de Cozumel.
Mecanismo de Hacker – Mejora: Objetivos principales en JBA HQ 2.
Mecanismo de Hacker – Mejora de Software: Objetivos secundarios en la misión de Shanghai.
Visión nocturna mejorada: Objetivos principales en JBA HQ 3.
Accesorio de cartucho de escopeta: Objetivos secundarios en la misión de Okhotsk.
Accesorio de Granada de Humo: Objetivos secundarios en la misión de Shanghai.
Accesorio de Granada Sónica: Objetivos principales en JBA HQ 2.
Emisor de ultrasonidos: Objetivos secundarios en la misión de Ellsworth.
Mina de pared de ráfaga: Objetivos secundarios en la misión de Okhotsk.
Mina de pared de aturdir: Objetivos secundarios en la misión de Ellsworth.